Przekazywalna oporność na wankomycynę w powiązanym przez społeczność związku MRSA AD 6

(Inne uwarunkowania genetyczne nadające oporność na antybiotyk, obecne w genomie BR-VRSA, przedstawiono w tabeli S3 w dodatkowym dodatku). ST8 związane z uwarunkowaniem genetycznym w BR-VRSA
Figura 3. Figura 3. Porównanie filogenetyczne BR-VRSA i BR-VSSA z przedstawicielami innych klonów Staphylococcus aureus (MRSA) innych opornych na metycylinę. Panel A pokazuje dendrogram pandemicznych klonów MRSA, BR-VRSA i BR-VSSA, wygenerowany za pomocą PFGE i użycie oprogramowania GelCompar II, wersja 6.5 (Applied Maths). Wzory zgrupowano za pomocą UPGMA (metoda nieważonej pary grup ze średnią arytmetyczną), z wykorzystaniem współczynnika podobieństwa Dice i optymalizacji 0,50% i tolerancji 1,0%. Typy PFGE lub klastry zostały zidentyfikowane na podstawie podobieństwa 75% lub więcej (wskazane przez pionową czerwoną linię). ST oznacza typ sekwencji. Drzewo filogenetyczne pokazane w panelu B oparte jest na polimorfizmach pojedynczego nukleotydu całego genomu (SNP) i zostało wygenerowane przy użyciu kryterium optymalności maksymalnego prawdopodobieństwa. Długość gałęzi jest proporcjonalna do liczby zmian ewolucyjnych (substytucji na miejsce). Wszystkie węzły mają 100% wsparcia bootstrap. Wskazano typy sekwencji (ST) i kompleksy klonów (CC) szczepów S. aureus.
PFGE wskazał, że BR-VRSA jest genetycznie spokrewniony z MRSA USA300 (ryc. 3A), a typowanie sekwencyjne multilocus pokazało, że BR-VRSA należy do ST8 (podobnie jak USA300 i USA300-LV), to port SCCmec typu IVa i jest typu spa t292. W przeciwieństwie do USA300 i USA300-LV, BR-VRSA brakowało genów kodujących PVL. Ani gen arcA, ani cały kataboliczny argininowy element ruchomy nie występował w BR-VRSA, jak również odnotowano dla szczepów MRSA należących do linii USA300-LV. BR-VRSA i BR-VSSA zawierają nietknięty operon bsa (dla produkcji bakteriocyny), który jest charakterystyczny dla MRSA związanej ze społecznością; Szczepom VRSA z kompleksu klonalnego 5 brakuje tego operonu.1 Analiza filogenetyczna oparta na całym genomie, oparta na SNP (przeprowadzona z całym genomem [Figura 3B] lub genomem rdzeniowym [Rysunek S3 w Dodatku Dodatkowym]) wykazała, że jest blisko związek pomiędzy BR-VSSA i BR-VRSA oraz między każdym z tych wariantów a innymi genomami ST8, w tym USA300 i USA300-LV. Porównanie genomowe BR-VSSA i BR-VRSA ujawniło tylko 288 SNP (134 w rdzeniu genomu) z wynikiem wskazującym wysoką jakość (zdefiniowaną jako wynik q> 20) różnicującym dwa szczepy, podczas gdy porównanie każdego z tych szczepów w teście USA300 TCH1516 wykazano różnicę 1637 SNP (965 podstawowych SNP) dla BR-VSSA i 1757 SNP (1005 rdzeniowych SNP) dla BR-VRSA, co sugeruje, że BR-VSSA jest bardziej podobny do progenitora BR-VRSA
[hasła pokrewne: ezofagoskopia, kąpiel mineralna, krajowy rejestr lekarzy ]

Powiązane tematy z artykułem: ezofagoskopia kąpiel mineralna krajowy rejestr lekarzy